Die erste Phase tritt ab dem dritten bis siebten Tag ein und weist leichtes Fieber, Kopf- und Gliederschmerzen sowie Husten auf, zur zweiten Phase kommt es meist nicht, da es schon vorher abgeklungen ist.
Nur bei etwa 5 % kommt es zur zweiten Phase,die FSME-Erkrankung, tritt nach ein bis zwei Wochen auf, wo eine Infektion des Nervensystem typisch ist.
Häufig werden neurologische Schäden hinterlassen, aber es kann auch in Einzelfällen tödlich enden.Nachweisen kann man dieses durch Antikörper im Blutserum oder im Hirnwasser.Therapieren kann man FSME nicht, nur die Symptome sind behandelbar.